書き出しフォルダのパーミッションが原因でした。他のサーバーでは別パーティションにログ専用フォルダを作成していたのですが、今回のサーバーでは、正式運用ではなくβ版の試験運用だったので、特定ユーザー（仮にeienとします）の書類フォルダにログフォルダを作成して書き出そうとしていました。
が、そこは eien さんしか読み書きできないフォルダなので、appserverユーザーで実行されている WebObjects アプリケーションはファイルを作成できなかったのです。ひとまず、ログフォルダをすべてのユーザーに書き込み可にしてしのぎました。
もっと早く気がつくべきだったんですが、ちょっと普段使わないlog4jを使ったので、それに関連して何か設定があるのかとそっち方面を色々調べていたので、基本的原因については考えが及ばず、時間がかかってしまいました。
